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Abaixo bons itens de leitura, sobre atualização sistêmica:

Arquivos DBF sem suporte no Protheus 12
Como atualizar Dicionário de Dados
Como atualizar o Dicionário de Dados do Protheus 12
Como atualizar o Help de Campos
Como configurar o ambiente para utilização das tabelas SXE e SXF para controle de numeração
Página: Como configurar o Help Online no sistema
Como criar um ambiente em Inglês ou Espanhol
Como proceder com o Balanceamento de carga entre serviços LoadBalance?
Procedimento de Migração de Release do Protheus 11
Procedimento de Migração de Versão - para Protheus 11
Procedimento de Migração de Versão - para Protheus 12
Procedimento para criar base de teste baseada em cópia da base de produção
Procedimento para efetuar a atualização básica do Protheus 11
Procedimento para efetuar a atualização básica do Protheus 12
Procedimento para migrar arquivos .DBF para .DTC
Quais são os Erros Críticos mais comuns durante a migração de versão?

http://tdn.totvs.com/pages/releaseview.action?pageId=6661754040